FAN-C 使用记录
软件介绍
FAN-C is a Python (3.6+) toolkit for the analysis and visualisation of Hi-C data. For common tasks, you can use the fanc executable. For more advanced analyses, FAN-C can be imported as a powerful Python module.Manual website: https://fan-c.readthedocs.io/en/latest/index.html
具体使用记录
我使用的功能主要是自动分析，然后进行A/B compartments 和 TAD 分析
自动分析，把命令过一遍但不运行 --run-with test
fanc auto SRR4271982_chr18_19_1.fastq.gzip SRR4271982_chr18_19_2.fastq.gzip output/ -g hg19_chr18_19.fa -i hg19_chr18_19/hg19_chr18_19 -n fanc_example -t 4 -r HindIII --split-ligation-junction -q 30
注：正式运行之前可以加入这个命令 --run-with test，看看文件和文件路径是否正确
AB compartment
fanc compartments -d fanc_example_1mb.domains.bed fanc_example_1mb.ab
fanc compartments fanc_example_1mb.hic fanc_example_1mb.ab
fanc compartments -g hg19_chr18_19.fa -v fanc_example_1mb.ev.txt fanc_example_1mb.hic fanc_example_1mb.ab
fancplot -o fanc_example_50kb.ab_and_ev.png Chr1 -p square fanc_example_50kb.ab -vmin -1 -vmax 1 -c RdBu_r -p line -f fanc_example_1mb.ev.txtoutput/hic/binned/fanc_example_1mb.hic fanc_example_1mb.ab
Topological associating domain (TAD)
fancplot -o fanc_example_100kb_tads.png Chr1:18mb-28mb -p triangular output/hic/binned/fanc_example_100kb.hic -m 4000000 -vmin 0 -vmax 0.05
使用过程中的思考
A/B compartments 分析中多数被子植物重复序列多，GC含量矫正（-g选项）可能会影响结果
Reference
[1] https://fan-c.readthedocs.io/en/latest/getting_started.html